根據藥品GMP要求，同一種產品，連續生產三個批次或一周，就要對多功能提取器設備進行清洗
中藥多功能提取罐清洗程序為
清水清洗：用清水循環，直到清水澄清為止。 　　
熱水循環：用65～70℃熱水循環清洗5min。 　
堿液清洗：用百分之2NaOH溶液, 65～70℃,清洗15min；
清水清洗：洗掉殘留堿液。 　　
酸液清洗：用百分之2HNO3溶液65～70℃，清洗30 min；清水清洗：洗掉殘留酸液。 　
以上清洗時可用加熱室加熱方法，使清洗液在中熱室和蒸發室循環。對于裝置中的清洗球，另接水管方可用清洗球清洗蒸發室的封頭處。蒸發室上部的絲網捕汁器也應定期拆下清洗，以防堵塞。